南华县乃至楚雄州的大部分地区在战国以前属原始部落时期，战国初期属哀牢国，战国中期庄蹻入滇后属古滇王国，西汉时期纳入中央版图，汉时属益州郡，三国时属建宁郡，晋时属爨部，唐初设邱州，南诏设俗富郡。元宪宗七年（1257年）设欠舍千户所，至元二十二年（1285年）改欠舍千户所为镇南州，始有镇南之名，意取“南中之一重镇也”，辖石鼓、定边2县，后革2县为乡，属威楚府。明、清仍为镇南州，属楚雄府。元、明、清以来，设府兴学、移民屯田。民国元年（1912年）改为镇南县。1954年10月镇南县改称南华县，意为“祖国西南美丽的地方”，属楚雄专区。1958年10月南华县并入楚雄县，1961年3月恢复南华县，属楚雄彝族自治州。

    1949年12月28日，中共镇南县委员会、镇南县人民政府正式成立。1954年6月30日，经中央人民政府内务部批准，镇南县更名为南华县，10月1日，镇南县人民政府正式更名为南华县人民政府。1958年10月，南华、牟定、双柏、楚雄四县合并为楚雄县，南华设区。1961年3月，恢复南华县建制。至2014年末，南华县共辖龙川镇、雨露乡、沙桥镇、五街镇、一街乡、罗武庄乡、红土坡镇、五顶山乡、马街镇、兔街镇10个乡镇。

    解放以来，南华的隶属关系主要有党务和政务2个方面。党务方面：1949年12月隶属中共滇西地方委员会（下庄街）、1950年3月隶属中共楚雄地方委员会（楚雄）、1970年1月隶属中共楚雄彝族自治州革命委员会核心小组（楚雄）、1971年5月至今隶属中共楚雄州委员会（楚雄）。政务方面：1949年12月隶属滇西人民行政专员公署（下庄街）、1950年3月隶属云南省楚雄区行政督察专员公署（楚雄）、1951年4月隶属云南省人民政府楚雄区专员公署（楚雄）、1958年4月隶属云南省楚雄彝族自治州人民委员会（楚雄）、1968年8月隶属楚雄彝族自治州革命委员会（楚雄）、1980年4月隶属楚雄彝族自治州人民政府（楚雄）。