元谋系傣语，意为天马，自古有“扼川蜀之锁钥，控滇北之樊篱”之称。元谋县历史悠久，1279年设元谋县，因常产好马，“其入贡中朝，亦必以马”“土人呼马为麻，转为谋”，故称元谋。汉元鼎六年（前111年）开越郡，今元谋北部属三绛县，南部属益州郡弄栋县。蜀汉时，北部属越郡三缝县，西、南部属云南郡蜻蛉县，东部属建宁郡秦臧县。西晋时，东、南、西部属宁州，北部属益州会无县。东晋时，南部属建都郡，北部属会无县。唐武德七年（624年）置西豫州，贞观三年（629年）改为糜州，领磨豫、七部二县，西部属姚州天池县，南部属尹州甘泉县。大理政权时期设华竹部，北部地为绛部。光绪四年(1878年)迁元谋县城至马街。

“元谋人”是迄今为止我国境内乃至亚洲最早发现的最早人类。1965年5月1日，中国地质科学院地质力学研究所研究员钱方先生在上那蚌村发现2颗人牙化石，经古地磁法测定，其年代为170±10万年，将中国人类历史向前推进了100多万年，改写了中国历史教科书。从发掘出土的大量化石及文物研究表明，170万年前远古先民的“元谋人”，就是在这里繁衍生息，并从这里穿过金沙江，跨过雅砻江、岷江、大渡河北上，与川奈巫山人、陕西兰田人、周口店北京人等古人类相互混血而成为中华民族的远古先民，给元谋这块古老而神奇的土地上烙上了不可磨灭的“中华文明之根”和“东方文明之源”的历史印记。

距今3200年前，元谋就有水稻种植和小手工业。蜀汉时诸葛亮南征，传入中原文化，沟通了云南与中原的经济、文化交流。元朝时期形成街市，为农牧业、手工业产品提供了交换场所，商贾云集，集市熙攘，元谋成了“古南丝绸之路”上的重要商贸通道和重镇，“上达郡城省会，下抵江外巴巫，商多三姚楚景，客尽江右湘湖”，被称为“滇南都会”。同时，元谋还是龙街渡口是金沙江“灵关古道”上的七大古渡口之一，因地势险要，自古以来为兵家必争之地。蜀汉时诸葛亮“攻心为上”的平南大军，曾经三绛（今元谋姜驿乡），下“四十五里”火焰山，涉“三十五里”沙沟箐，在金沙江龙街古渡口渡江，七擒孟获，平定南中，留下了民族和睦的千古佳话。元朝至元二十四年（1287年），意大利旅行家马可·波罗奉元世祖忽必烈之命出使缅甸，自北向南，从四川会理经过元谋姜驿在龙街渡过金沙江，西行出境，完成了周边修好的使命。明朝洪武二十四年(1391)金沙江龙街渡设巡检司。清初，镇守云南的明朝旧将吴三桂反滑复明，浩浩大军踏过金沙江龙街渡古驿道向川西进发，显示了吴三桂的不可一世。明朝嘉靖四年（1535年）被贬戍边的状元郎杨升庵，第一次从龙街渡口过金沙江，夜宿巡检司衙门，留下了《宿金沙江》的传世诗作。明崇祯十一年（1638年）十二月，著名旅行家、地理学家徐霞客出游到龙街渡，驻足江畔，面对龙街古渡口“蜀滇交会”的青石残碑，思绪万千。民国四年(1915)云南护国起义，军政府为防川军过江进攻昆明，派遣护国军驻守龙街渡口，与渡江川军激烈交战，击溃川军。

1935年遵义会议后，在党中央和毛泽东、周恩来、朱德等同志的领导下，中央红一方面军四渡赤水，南渡乌江，于4月23日红军分两路进入云南，形成直逼昆明的态势。4月30日，中央军委在寻甸县柯渡对抢渡金沙江作出具体部署，决定红军分三路抢占金沙江渡口：一军团抢占龙街渡，三军的抢占洪门渡，干部团从中部直插皎平渡，五军团殿后掩护。5月2日，红一军团以迅雷不及掩耳之势连续攻下禄劝、武定县城后，一师、二师从武定县石腊它兵分两路进入元谋。红军到来之前，元谋县长杨钧之听说禄劝县长何泽周、武定县长周自德阻止红军北上被击毙后，丧魂失魄地带领一百多民团慌忙逃往班果，团防大队长赖华堂从西门逃窜。红二师未发一枪一弹于5月3日占领了元谋县城。

红军占领县城后，敌总指挥薛岳以为红军主力要在龙街渡江，连续下达了“向元谋急进”“向元谋兜剿”“向元谋追剿”的命令。原来红军入滇后，大张声势攻城夺池，给蒋介石、龙云造成红军可能在元谋方向渡江北上的错觉，只好下令封江，将大部分船只烧毁，少数船只沉于江中，又调集川军一个团驻守北岸，防阻红军过江。

为掩护红一师抢占龙街渡口，红二师大张旗鼓制造声势，吸引和牵制尾追之敌，5月3日，红二师殿后的第六团从马头山进入县境后，留下三营在白酒坡（今公路梁子上）布防，阻击敌人。5月4日，红一军赶到龙街渡时，在寻找不到船只又受到川军火力阻击的情况下，立即投入战斗，一面用重机枪还击江对岸的敌军，一面昼夜不停地用竹子和木板扎筏子，并在龙街渡口上游江面狭窄、江水缓流的石花滩架设浮桥佯攻，把敌军的注意力引向龙街渡，通过两昼夜的战斗，浮桥已铺设一半多，但红军架浮桥的情况即刻被敌机发现，5月6日中午，敌机从金沙江上游方向飞来轰炸浮桥，由于江面狭窄风力较大，敌机投下的炸弹都偏离浮桥，落到对岸山上爆炸。红一师在龙街渡牵敌，为红军主力赢得了时间，干部团夺取禄劝皎平渡，红军从容渡过金沙江，在中国军事史上谱写了“巧渡金沙江”的著名战例。

民国时期，元谋匪患频繁，水灾害严重，社会动荡，人民群众衣难遮体、饥不襄腹。中华人民共和国成立后，劳苦人民翻身作主人，在中国共产党的领导下，通过土地改革、清匪反霸，对农业、手工业和资本主义工商业进行社会主义改造，经历了“大跃进”的折腾和“十年文革”的摧残。党的十一届三中全会后，元谋人民从改革开放到社会主义现代化建设，逐步走上了由穷变富的道路。